Fino alla metà del ‘400 la chiesa del Monastero è anche la chiesa del villaggio di Rivalta, che si trovava poco distante, racchiuso da spesse mura e comunicante con l'esterno per mezzo di tre porte. Il percorso dal Ricetto alla chiesa, sebbene non lunghissimo, poteva essere disagevole a causa dell’attraversamento del Rio Garosso.

Non esistono documenti che attestino la data esatta di costruzione della chiesa, ma si presuppone verosimilmente attorno alla fine del 1400, nel luogo dove sorge attualmente. Nel 1455 si registra una donazione di terreno da parte di Maddalena Pairetti, proprio per la costruzione di una nuova chiesa che sarà l'attuale chiesa parrocchiale. Il terreno, che misurava circa nove trabucchi per quattro, si trovava all'interno della cinta muraria che difendeva il paese ed era accanto alla vecchia porta di San Giovanni.  Questo testimonia che il periodo era relativamente pacifico, in quanto sarebbe stato impensabile nei secoli precedenti costruire una chiesa addossata alle mura, che avevano uno scopo difensivo.  La chiesa è a tre navate e fu più volte restaurata ed ingrandita: era inizialmente dedicata a San Bernardino e a San Giovanni Evangelista, venne dedicata ai santi Pietro e Andrea quando l'Abbazia venne soppressa (1792). In quel momento vennero trasferiti dall'Abbazia alla nuova chiesa l'altare, la balaustra e l’icona dei Santi Pietro e Andrea con l’Assunta.
Negli anni 1749 e 1752 i famosi architetti Vittone e Alfieri intervennero con restauri estetici e strutturali, che consentirono anche di eliminare l’umidità delle murature.
Verso il 1890, per ovviare a gravi lesioni che minacciavano la stabilità, fu incaricato l'architetto Reycend che eseguì lavori di consolidamento, rifece la facciata, abbatté la volta centrale pericolante sostituendola con l'attuale soffitto a cassettoni, più leggero, e rinforzò le arcate laterali gotiche con archi a tutto sesto.
Negli anni ‘30 del ‘900 il canonico Balma ne rifece il pavimento, aggiunse l’abside semicircolare, rinnovò l'intera decorazione, ampliò il presbiterio ed innalzò l'ardito campanile (m. 46) dotandolo di ben cinque campane di cui due provenienti dalla Torre Civica.